Mùa giải 1893–94 là mùa giải thứ hai của Newton Heath trong Liên đoàn bóng đá. Đội bóng kết thúc ở vị trí cuối cùng trong giải Hạng nhất ở mùa giải thứ hai liên tiếp. Có nghĩa là Đội bóng phải đối mặt với một trận đấu thử nghiệm chống lại Liverpool để tranh suất trụ lại giải đấu này. Trên sân Ewood Park của Blackburn, Đội bóng đã để thua với tỷ số 2-0 và bị xuống chơi tại giải Hạng hai. Giải FA Cup, Newton Heath đã vào vòng hai trước khi bị loại bởi Blackburn Rovers, thua 5-1 trong trận đấu lặp lại.Câu lạc bộ cũng tham gia tại giải Lancashire Senior Cup và Manchester Senior Cup trong mùa giải 1893-1894, nhưng đã bị loại ở vòng đầu tiên của cả hai cuộc thi. Trong nửa sau của mùa giải, Newton Heath cũng thi đấu tại Palatine League trong một nỗ lực để có thêm nhiều trận đấu trải nghiệm. Tuy nhiên, sự trải nghiệm đã không thành công vì Đội bóng đã để thua bốn trong tám trận đấu ở giải đấu này.